يقع جامع خوبان في مدينة دمشق خارج أسوارها الشمالية، في منطقة العقيبة، حارة السّمانة شرقي مبنى المصالح العقارية، على شارع يتعامد مع زقاق تحت المئذنة يصل شمالاً إلى مسجد السمرقندي وجنوباً إلى مسجدي عبد الله العمري والنوفرة.

وهو مشيّدة عثمانية، مسقطه العام شبه مربع، يتضمن حرماً وصحناً وميضأةً ومطهرةً ودكاكين متعدّدة عن يمين ويسار مدخله.

واجهته الرئيسية شرقية تحوي شباكي حرم الجامع في قسمها الجنوبي، وثلاثة دكاكين يتوسّطها مدخل الجامع في قسمها الشمالي.

الشباكان خشبيان مستطيلان ومتماثلان ذواتا إطار حجري بازلتي أسود معقود بعقد وتري ومغطيان بالمشبكات المعدنية. وأما المدخل فواجهته مبنية من الحجر المشهّر (طحيني وسماقي)، وله باب خشبي ذي زخارف هندسية معقود بعقد حلية من أجزاء دوائر متعاكسة ومتناظرة مماثل لعقد مدخل رباط أبي البيان من العصر العثماني المتأخر.

تعلو المدخل مئذنة خشبية جميلة مغطاة باللياسة الكلسية، تبدأ بجذع مربع يصل لارتفاع نحو  8,5 م، ثم يصبح مثمناً بارتفاع نحو  2,5 م وذلك عبر مثلثات هرمية في الأركان. ثم تأتي شرفة المؤذن الخشبية المثمنة البارزة والتي ترتكز على عدة صفوف من المقرنصات الخشبية البديعة.