يقع مسجد الرفاعي في مدينة دمشق خارج أسوارها الجنوبية، في منطقة سوق الميدان، على شارع الميدان (مسار الحج)، شمالي مسجد جنيد العسكري وحمام الرفاعي، مواجهاً لدخلة الجميل.

وهو مشيدّة عثمانية، احترق عند بداية الثورة السورية سنة 1344هـ/1925م إثر القصف الفرنسي لهذا الحي، فجدّدته دائرة الأوقاف الإسلامية وافتتحته سنة 1353هـ/1934م.

المسجد ذو مسقط مستطيل بمساحة تبلغ 528م2، وقد جاءت أضلاعه غير منتظمة لتتلاءم مع شكل العقار.

تُغطي المحلات وأبنية الجوار واجهات المسجد الأربع، ولا يظهر سوى المدخل العام للمسجد من الواجهة الغربية الرئيسية المطلة على الشارع العام، والذي تعلوه مئذنة المسجد ذات الجذع المضلّع والمشيّد من مداميك الحجر الأبلق (الأبيض والأسود) ويحمل شرفة مضلّعة بارزة عنه بوساطة أفاريز بسيطة من الحجر البازلتي الأسود، تغطّيها مظلّة خشبية مضلّعة أيضاً، يعلوها جوسق مضلّع تزيّنه نوافذ معقودة مصمتة ينتهي بقلنسوة مخروطية هرمية مغطّاة بالألواح المعدنية ومتوّجة بالهلال.

شُيدت واجهة المدخل من مداميك الحجر الكلسي المزّي المنحوت والمنتظم، وهي تحوي باباً مستطيلاً تعلوه فتحة نصف دائرية غُطّيت بلوحة رخامية نُحت عليها "جامع الرفاعي"، تعلوها بالتالي لوحة رخامية مستطيلة نُحت عليها تأريخ التجديد في عهد رئيس الحكومة السورية تاج الدين الحسني.

الباب معدني مستحدث ذو مصراعين يفتح على دركاه تؤدي إلى دهليز صغير يفضي إلى بهو فُتح في جداره الجنوبي باب إلى غرفة يوجد عن يمينها درج يُصعد عبره إلى الغرفة العلوية المماثلة للسفلية ثم إلى المئذنة.

البهو مفتوح بكامله عبر عقد مدبب على الصحن ذي الأرضية الرخامية التي كانت تتوسطه بركة مياه الميضأة. وقد استُحدث على الجدار الشمالي للصحن ميضأة يؤدي باب في جدارها الغربي إلى مطهرة المسجد.

للصحن واجهة شرقية متناظرة تحوي أربعة شبابيك مستطيلة متماثلة ومعقودة بعقد نصف دائري قد أُطرّت جميعها بالحجر الأسود، وجُعل شباك أوسطها باباً يُفضي إلى الميضأة، يعلوها شبابيك للإنارة.

وللصحن رواق جنوبي مغطى بسقف محمول على الجدران وعلى عقدين مدببّين يرتكزان على عمود أسطواني حجري كلسي في الوسط وعلى دعامتين في الطرفين الشرقي والغربي، يُنصف الجدار الغربي للرواق شباكي الغرفتين.